Ивлев обвиняется в хищении у нефтяной компании и ее дочерних предприятий прибыли в размере более 14 млрд долларов и в легализации этих денег путем выплаты дивидендов. Сам Ивлев называет предъявленные ему обвинения "чудовищными" и расценивает это как месть за его отказ дать показания против акционеров "ЮКОСа".
Как сообщает РБК, ранее Генпрокуратура заявляла, что Ивлев вместе с начальником юридического департамента ООО "ЮКОС-Москва" Дмитрием Гололобовым и его заместителем Светланой Бахминой разработали несколько схем, позволяющих скупать нефть у нефтеперерабатывающих компаний по себестоимости. После этого путем продаж и перепродаж, которые осуществлялись только на бумаге через фирмы, расположенные в зонах льготного налогообложения, стоимость нефти увеличивалась в среднем в три раза. Полученная сверхприбыль скапливалась на счетах фирм "Ратибор" и "Фарг-ойл", а затем переводилась в оффшорные зоны, после чего проводилась частичная легализация этих средств. Из этих сумм участники группы и другие лица под видом консультационных услуг, которые фактически не оказывались, получали крупное вознаграждение.
30 ноября 2005 года Басманный суд санкционировал арест Гололобова по новому обвинению в отмывании похищенных денег. Гололобов уже год находится в командировке в Лондоне. В течение года также продолжает оставаться обвиняемой в хищениях управляющий партнер адвокатского бюро ALM Feldmans Елена Аграновская. Она находится под подпиской о невыезде.
Счета и акции "ЮКОСа" и его крупнейших "дочек" в настоящее время арестованы, большая часть поступающих на них средств изымается для погашения налоговой задолженности. "ЮКОС" оценивает суммарный объем налогового долга в 27,5 млрд долларов.
Экс-глава "ЮКОСа" Михаил Ходорковский и бывший глава МФО "МЕНАТЕП" Лебедев были признаны виновными по семи статьям Уголовного кодекса и приговорены Мещанским судом к 9 годам лишения свободы. После кассационного рассмотрения дела Мосгорсуд подтвердил приговор, снизив срок заключения до 8 лет. Для отбывания наказания Ходорковский был этапирован в колонию N10 города Краснокаменска, Лебедев – в Ямало-Ненецкий автономный округ, в колонию в поселке Харп.