Подсудимые по делу Шутова были арестованы в начале 1999 года. По мнению следствия, банда Шутова совершала преступления в период с 1997 по 1999 год. На стадии предварительного следствия подсудимые подозревались в совершении более десяти заказных убийств, а также в вымогательствах, хранении и изготовлении оружия и взрывчатых веществ, грабежах, разбоях и кражах.
В ходе следствия обвинению, по мнению прокурора, удалось доказать причастность подсудимых к ряду убийств, в том числе к убийству крупного предпринимателя Дмитрия Филиппова и адвоката Игоря Дубовика. Обвинение также считает доказанной вину подсудимых в покушении на убийство депутата Госдумы второго созыва Вячеслава Шевченко и других преступлениях.
Городской суд Петербурга 15 февраля 2006 года приговорил Шутова, а также Айрата Гимранова и Сергея Денисова, которые были признаны виновными в создании бандитской группировки, организации ряда заказных убийств и других преступлениях, к пожизненному заключению. Такой же приговор был вынесен Евгению Николаеву и Александру Лагуткину, которых суд признал виновными в активном участии в деятельности группировки и заказных убийствах. Остальным подсудимым суд назначил наказание сроком от 7 до 18 лет лишения свободы.
В отношении одного из подсудимых - Сергея Пессонена - уголовное преследование было прекращено за истечением срока давности совершенного им преступления.
Верховный суд оставил приговоры Петербуржского суда без изменения. После вынесения этого определения адвокаты осужденных заявили журналистам, что намерены обжаловать решение суда в порядке надзора, а также "добиваться законности в Европейском суде по правам человека в Страсбурге".
Адвокаты отметили, что разбирательство в Санкт-Петербургском городском суде было заочным: формально Шутов был удален за нарушение порядка в судебном заседании. "Осужденным было назначено самое суровое наказание", - сказал адвокат Дмитрий Аграновский.
Вместе с тем, представители потерпевших удовлетворены вынесенным решением.